一、扫描仪操作
启动：先启动电脑，再启动扫描仪，否则会造成扫描仪无法正常运行。
扫描仪设置要点
设置【统一亮度】的操作：点【选定】进入扫描操作界面后（见下图），先选介质为【正片】，通过点【总览】预扫描来查看标尺最下沿所在位置，将扫描目标区的上边线移动到该标尺最下沿以下一点的位置。再在顶部的【属性】栏选【反相】（特别注意：大米分析需用彩色+正片+反相扫描；谷粒分析不用选择反相）。然后在其左侧的【亮度/对比度】栏，选【自定义...】后，将【亮度】设置在26，并将【对比度】设置在65～66，将【类型】设置为RGB色彩，【分辨率】设置为300ppi。最后点【确定】保存设置。
扫描
要确保谷粒或大米在扫描仪玻璃成像板平铺散开，不堆叠（一般50粒左右），否则，会影响分析结果的准确性。初次扫描时要通过点击【总览】【预扫描】查看谷粒或大米是否都在扫描区域内，通过光标拖动，可将种子和谷粒选定在扫描区域内，扫描的图片保存格式为tif。
二、万深SC-E种子、大米外观品质分析软件操作
1. 谷粒形常规分析
打开分析软件窗口，点击【常规】选项卡，点击右上角的【打开】按钮，打开已保存的扫描图像，然后鼠标点取【标定】图标后显示的对话框，可选上【通过已知分辨率进行标定】选项，输入已知分辨率300 DPI（如下图），【向导】选项卡中选择“正片.粘连谷粒形”，点击【执行】按钮，分析结果就出来了。
2. 米粒外观品质分析
1）常规
打开图片，“标定”与谷粒形分析相同，【向导】选项卡中选择“正片.大米分析”。鼠标点取【设置】图标后，弹出如下对话框，具体设置条件如右图所示，设置好条件后，“执行“一次。
2）分析
【整精米分析】在【分析】选项卡中。可点选【整精米】栏【自动】按钮来全自动地分析。若不满意结果，也可点【整精米】栏的【选取】按钮，在当前图上从大到小地选取典型整精米。被选上的纯整精米将被标记绿色外框，标记为红色外框的为符合国标（3/4长）的整精米，标记为黄色外框的为大、小碎米。
【垩白分析】在【分析】选项卡中。可选【垩白】栏【自动】按钮全自动地分析。系统将按【设置】栏所定的百分比对随机抽样出来的纯整精米进行垩白的自动分析。抽样数量在【常规】选项卡的【设置】栏上选定。推荐抽样量为95%。若图像上下边部的大米垩白出现没被自动分析，是因其属于那没被抽样的5%整精米。若对自动分析的结果不满意，可点
上的【设置】按钮打开【垩白测定设置】对话框来调控各参数，各参数设置如下图。
3）在同一个修正量下，打开选取下一张相片，常规：执行，分析：选取、自动（总结果追加保存），重复1~3次，在分析第一张相片时改变修正量。
注意：
分析大米的整精米、碎米、垩白度、垩白率、透明度、碾精度、裂纹率、芽胚率，这8项指标的扫描参数：选【正片+反相】，亮度/对比度输入栏分别置26、65-66，RGB彩色扫描成像。对应的软件设置栏选上【图像灰度化】及对应的扫描仪。提取背景的容差指定为3。整精米率值为符合国标的3/4以上的整精米比率（标记红色框+绿色框的米粒），纯整精米率值为完全是整精米的米粒（标记绿色框的米粒），标记为黄色框的是碎米。
实验数据一般保存在E盘中，实验结束后请及时清理电脑桌面，关好电脑、扫描仪，拔下软件密匙放入抽屉中。
本操作手册比较粗糙，还存在很多不足，涉及的知识不够全面，在实际操作中遇到问题请及时反馈交流。